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北京协和医学院临床前期学系建立（1917-1924）

在北京协和医学院成立之初，逐步建立解剖学系、生理学系、病理学系、生物化学系、药理学系、寄生物学系、微生物及免疫学系、公共卫生学系等八个学系。
实验医学研究所成立（1958年8月）

在原保留的六个科系（解剖学、生物化学、生理学、病理学、微生物及免疫学、公共卫生学）基础上建立实验医学研究所，位于协和医学院前期各学系的原址，是ylzz总站线路检测中心首批成立的五个研究所之一。由张鋆教授任所长、郭福芝、张锡钧任副所长，郭福芝任党总支书记。下设形态学、生物化学、生理学、病理学、病理生理学、生物物理学六个学系，拥有一大批著名医学科学家和中青年科技骨干，队伍严整，实力雄厚。逐步发展成为全国知名的一流医学基础理论研究所。
实验医学研究所内迁至四川简阳(1969年12月)

研究所被全部迁移至四川省简阳县，1972 年并入医科院四川分院。期间取得多项高水平科研成果，1978 年获得17 项全国科学大会奖和全国医药卫生科技成果奖。
正式成为科教融合的双名一体机构（1982年6月）

ylzz总站线路检测中心与医大基础部正式一体化管理，按学系 /教研室建制。教学实体分别于 1985 年更名为中国协和医科大学基础部，1993 年更名为中国协和医科大学基础医学院。
基础所院主体搬迁至北区（2025年5月）

随着承担国家研究任务的增加，原有空间限制了基础所院的发展。所院主体搬迁至北区后，开启了提质扩容、高速发展的新篇章。